基层医疗卫生机构内部缺乏监督制度的问题
为了保障广大人民群众健康和生命安全，减少医疗资源的浪费，国家提出实施基本公共卫生服务项目、重大疾病医保报销制度、稳定药品价格基本药物零加价制度。基层医疗卫生机构内部没有得到控制和监督出现了问题。一、会计信息真实性不可靠
基层医疗卫生机构财务部门规模较小，大都是会计一人，出纳一人， 甚至有的会计还要兼职其他科室。会计人员年龄比较大，部分会计人员不具备相关资格证书，随着信息化建设的不断提高，由传统的手工记账过渡到现在信息化程度较高的财务软件，这些人员越发显得力不从心。医院的各项支出都是领导说了算，财务部门对于各项支出报销，只要是领导签了 字，财务科就做账。
例如，某乡镇卫生院在一次药库的修缮中，防盗窗没给安，就直接给打了款。还有在一些招待费的报销上，白条就能下账，这些支出没有经过严格的审批手续，造成了财务信息的不真实。
二、医保基金监管缺失
从2003年开始，国家为了解决农民群众看病难、看病贵等一系列问题，推行新型农村合作医疗制度。至今经历了18年的历史，新型农村合作医疗政策逐渐成熟，一定程度上解决了农民群众在得了重大疾病后倾家荡产的风险，保障了农村经济的稳定发展。目前，由于基层医疗卫生机构各项制度的不完善，在管理方面存在诸多问题。首先基层医疗卫生机构人员工资没有保障。
医生在医疗活动中经常出现小病当大病医，多开辅助检查，抬高收费价格等现象。很大程度上造成了医疗资源的浪费。某乡镇卫生院在对患者用“小针刀”进行关节治疗时，将“小针刀”治疗费计入“关节松解术”，以此来太高收费价 格。被医保局罚款七万多。还有一家乡镇卫生院在病人死亡三天后，其家属拿着死者的身份证来医院门诊拿药报销。诸多现象，体现了基层医疗卫生机构内控制度的不健全。
三、资产管理制度不健全
健全的内部控制制度可以提高资产安全完整，不断改进资产的利用情况。现实中大部分基层医疗卫生机构没有建立一套完整固定资产的管理制度，在固定资产的购进、入库以及报废存在许多的问题，比如固定资产的购进，没有考虑医院发展需求，盲目的购进，造成了固定资产的闲置。没有严格的入库手续，甚至有些固定资产存在质量上的问题，以次充好来谋取利益。没有建立固定资产的盘点清册，造成账实不符，甚至有些单位固定资产账上，只记录固定资产增加情况，等到固定资产报废时，账上没有记录，造成固定资产的虚增。在各科室耗材的领用上，没有经过严格的审批手续，财务部门在核算绩效工资时，这些材料的成本没有从绩效工资里扣除，使得各科室材料浪费严重。
还有一家乡镇卫生院中药房，中医开单医师，煎药科三个科室只有夫妻两人，没有执行内部牵制制度。总之，由于资产管理不到位，就会影响内部控制水平提升。
四、缺乏监督机制
基层医疗卫生机构大多规模相对较小，人才缺乏，业务用房建筑面积不足，没有独立的审计机构，大多是由财务科担任，财务部门由于本身业务的重要性，对于内控监督意识比较淡薄。另外，内控监督体系建设不完善，大部分指标比较笼统，没有细化到科室、个人。
例如，在相关权限的设定上不明确。某乡镇卫生院在一次药库盘点中，发现一批过期失效药品，原因是药库人员没有经过领导批准，缺乏与开单医生沟通，盲目购进，由于内部监督制度不到位，造成了医院财产的流失。
五、基本公共卫生人才的匮乏、资金的浪费
2009年，国家推行基本公共卫生服务项目，各级政府基本公共卫生服务经费补助标准为人均15元，2021年，各级政府基本公共卫生服务经费标准为人均79元，基本公共卫生是国家医疗活动重要方针，是保障广大人群众生命安全和健康重要手段，是促进社会正常运行、发展的有力保障。大多数基层医疗卫生机构在基本公共卫生服务项目存在不足之处。在宣传资料的印刷、人员经费的支出方面存在或多或少的浪费。
基层医疗卫生机构人员收入水平较低，很少有专业人员来基层卫生院工作，造成了人才的缺乏。甚至有些单位负责基本公共卫生项目人员无相关资格证，降低了基本公共卫生服务项目的质量。乡村医生老龄化比较严重，造成了个别村庄无 基本公共卫生负责人员。
六、缺乏风险防控能力
风险无处不在，乡镇卫生院由于环境、人力、技术、设施、管理方面的先天不足，发现、自救、管控能力和抗风险能力差。首先，基层医疗卫 生机构存在人员管理风险。有些医技科室人员，不具备相关资格证书，员工到了退休年龄，外部人员引进不来，只能再进行返聘。其次，医疗运营中风险。基层医疗卫生机构在医疗服务工作中透明度不高，与患者沟通欠缺，造成医疗事故风险发生，给医院带来经济损失。部分基层医疗卫生机构没有严格按医保报销政策流程操作，存在被罚款，严重者移交司法机关。
七、执行力不足
基层医疗卫生机构人员由于受环境和能力的影响，对领导安排的工作时常出现推诿，遇到困难，绕着走，不敢勇于承担责任，不按时上下班，工作效率低，思想和工作方法上守旧，没有创新，缺乏解决新问题的能力。某乡镇卫生院在调研一项设备是否购进时，曾在群里下通知，争取职工们的意见，五天后，大部分职工没有发表意见。
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